19世纪末，法国的科学家对中国酒曲进行了研究，发现我国的曲药兼有糖化和发酵的双重功能，从此改变了单纯利用麦芽糖化的历史。后来人们把这种利用霉菌糖化的方法称为“淀粉霉法”或“淀粉发酵法”。这种用霉菌糖化、用酵母菌发酵制酒的方法是现代酒精工业的基础，同时它也对现代发酵工业和酶制剂工业的发展产生来了深远的影响。
酒曲巾含有丰富的微生物，如霉菌、细菌、酵母菌、乳酸菌等，霉菌中有曲霉菌、根霉菌、毛霉菌等有益的菌种，同时，酒曲还含有丰富的培养基成分，是提供酿酒用各种酶的载体。
酒曲大致分为5类，即:大曲、小曲、曲饼、红曲、麸曲。大曲中含有的微生物品种丰富，除含有促进生产的主力酵母菌及霉菌以外，还含有大量的能够产生微量香气成分的细菌等微生物，所以大曲酿制的酒浓香醇厚，回味悠长;而小曲是以根霉菌、酵母菌为主，经历代人工驯化，接近纯种;曲饼居于大小曲之间，是人工接种菌种，以根霉菌及酵母菌为主;以酿制黄酒为主的红曲则是在米上培养的红曲霉菌;以酿制普通白酒或酒精为主的麸曲则是用麦麸皮为原料，蒸熟后接种纯种的曲霉菌。由此可以看出，小曲、红曲、曲饼、麸曲等曲药所含菌种都相对单一，因而所酿制的酒体香味物质也较单一。
但是，并不是曲药中所有的微生物都有利于酿酒生产，曲药中既有有益菌也有有害菌，它们互相牵制、互相作用，从而控制整个白酒发酵过程。
有益菌主要有糖化菌和包括产香味菌在内的发酵菌两大类，包括霉菌中的曲霉菌及根霉菌为主的糖化菌群，酵母菌中的酿酒酵母、异常汉逊酵母及球拟酵母菌等。细菌中的己酸菌能够产生微量香气物质;适量的甲烷菌及丁酸菌也有利于白酒香气成分的形成;而部分放线菌则具有脱臭和生香作用。
有害菌则不得不说霉菌中的青霉菌，若制曲过程中被青霉菌污染，则产出的白酒会呈苦味。此外，酵母菌中的野生酵母、细菌中的乳酸菌在大曲、小曲及其酒醅中均存在，量多则对酒质不利;如果在麸曲及酒母培养中感染此菌，则会导致酸败。
四川川南一带产的软质小麦，尤其适合用来制作酿造浓香型及酱香型白酒的大曲，加之得天厚的自然条件和传统的制曲技艺，使酒曲外表都有颜色一致的白色斑点或菌丝，断面呈猪油色，并有红黄斑点，具有特殊馥香。除了大曲，四川还有大量的优质小曲酒，以精白度不高的籼米或米糠为原料制作小曲。值得一提的是，无论是大曲还是小曲，川人制曲的工艺都很好地保留了传统和特色，即使是在酿酒科技高度发达的今天，传统作坊式的制曲工艺仍保持着原先的本色，各个酒厂自制酒曲的配方都是各有特色秘而不宣的，尤其是名酒。可以说，传统的制曲工艺奠定了酒的卓越品质。
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