动物食品安全溯源系统包括从“养殖场”到“消费者”的诸多环节，主要有：养殖场、运输物流、屠宰场、物流仓储、超市和消费者6个环节。
动物食品安全溯源系统包括从“养殖场”到“消费者”的诸多环节，主要有：养殖场、运输物流、屠宰场、物流仓储、超市和消费者6个环节，其构成的溯源流程和与之相匹配的信息模型如图1所示。
为了消费者从餐桌到养殖场的全过程追溯，需要在图1的6个环节中依靠不同的标签对动物进行标识，并在每个环节中对标识的动物食品管理和记录图中的信息。
溯源系统的数据在动物食品生产过程中的多个环节逐渐生成，并在相应环节中添加到溯源系统中。大量多类型追溯信息的存储和管理仅仅通过标识标签是很难实现的，需要采用标签和数据中合的方式才能满足追溯系统中信息管理的复杂需求。通过标签技术对动物性食品加工环节中每个产品进行唯一标识，如图2所示。在每个加工环节都建立相应的信息管理平台，该平台采集加工环节中每个产品的信息并汇总到食品安全数据中心。在整个环节中都有专门机构进行监管。消费者可以根据产品的标签从数据中心查询到该产品所历经的所有生产环节及其关键信息，任何环节的生产厂家都可以通过系统对产品向上追溯和向下，可以通过数据中心的信息建立自动的食品安全监测平台。
动物食品涉及畜牧养殖、屠宰加工、流通销售等众多环节，其从养殖场到餐桌的整个生产流程与其他食品相比要复杂得多，因此追溯的信息涵盖面更广、信息量更大、追溯信息间的转换频率更高。在整个生产流通环节中全部使用电子标签，在中国现有经济基础和行业发展水平上还不现实。不同的生产环节对标签技术具有不同的需求，可针对需要进行灵活选择。
在养殖场牲畜出生后，养殖场管理平台生成唯一的“生产标识码”，并在食品安全数据中心中进行信息的登记，建立起牲畜个体信息数据库。牲畜在饲养过程中的批次、饲料、免疫、检疫等情况都分别通过管理平台记录在食品安全数据中心。由于牲畜养殖过程中二维条码易受污染，且易受牲畜的等，并且在信息的录入环节需要逐个登记牲畜的标签，不适合多个标签同时录入。因此养殖环节中，适合采用RFID标签作为“生产标识码”的载体，每个RFID标签和“生产标识码”在数据中心一一对应。综合牲畜的养殖时间和无机RFID标签的寿命，对于养殖超过I年的牲畜采用无机RFID标签，低于1年的牲畜采用有机RFID标签。在养殖环节根据需要可选用有机RFID标签或无机RFID标签，尽管无机RFID成本比有机RFID标签高，但由于饲养阶段牲畜数量有限，所以增加的成本对于大型动物是可接受的。
在物流运输中，通过物流运输管理平台在食品安全数据中心中登记物流企业的基本信息和物流的基本情况。此时可仍旧按照养殖环节的RFID标签作为管理的唯一标识。
屠宰场存在若干生产环节，可根据牲畜的标识对生产过程进行流水线的，每个环节都分别通过屠宰场管理平台登记在数据中心。屠宰场中牲畜被宰杀后进行分割。分割前管理平台读取待分割肉类的“生产标识码”，并根据将要分割的数量生成多个“屠宰标识码”，每个屠宰标识码对应相应的分割部位，比如头、里脊、肝脏等。“屠宰标识码”和“生产标识码”在数据中心进行登记并建立对应关系。“屠宰标识码”再被标记到标签上，成为特定牲畜特定部位的唯一标识。通过“生产标识码”可以追踪到分割后的肉类，通过“屠宰标识码”可以追溯到分割前的动物，完成了动物从整体到肉类的追溯信息的转移和传递。
在肉类分割后，每个部分都需要标签进行标识，需要的标签数量相对较多，采用无机RFID标签会带来极大的成本负担，因此只能对批次进行管理，难以对分割后的肉类进行个体的管理。采用价格非常低廉的有机RFID标签或二维条码可以很好的解决成本问题。但二维条码的读取受，不适合屠宰场中多个生产环节中对标识码的自动读取，且二维条码易受污染，不适合屠宰场的需要。鉴于屠宰环节的时间较短，有机RFID寿命可以满足此环节的需要。有机RFID标签具有适应性、成本、读取方式等方面的优点，在屠宰、分割环节可以发挥不可替代的作用。
基于2.3中的分析，在物流仓储环节采用“屠宰标识码”进行信息的管理。通过管理平台向信息中心汇总物流基本信息、仓储基本信息、多个时间节点的物流温度、仓储温度等信息，实现动物性食品在物流仓储环节的个体化过程管理。
在超市肉类被继续分割。超市管理平台读取有机RFID标签标识的“屠宰标识码”，根据分割的情况自动产生多个标识码。“用户标识码”和“屠宰标识码”在数据中心进行登记并建立对应关系。“用户标识码”被标记在标签上。“用户标识码”的数量非常庞大，由于成本的原因，无法采用无机RFID标签，只能采用二维条码或者有机RFID标签。此时二维条码和有机RFID标签不存在明显的优劣，可以根据用户的习惯加以选择。
消费者根据超市提供的用户二维条码或有机RFID标签可以通过公共查询系统查询到产品的“用户标识码”。根据“用户标识码”可以查询到超市的信息，并且可以追溯到“屠宰标识码”。根据“屠宰标识码”可以查询到肉类的运输、仓储信息，肉类在屠宰场中的生产信息，并且可以追溯到肉类的“生产标识码”。由“生产标识码”可以查询牲畜的运输销售信息、饲养环节的各种信息等。消费者可以由终端产品追溯整个肉类的生产过程。
有机RFID标签具有无机RFID标签方便易用的优点，又具有类似于二维条码的低廉成本，虽然在读取速度、容量和使用寿命方面劣于无机RFID，但在动物性食品溯源过程的应用中，这些特性并不是对每个环节都是必要的，这为低成本的有机RFID标签提供了发挥积极作用的空间。
动物食品安全溯源系统的主要环节包括养殖场、运输物流、屠宰场、物流仓储、超市和消费者等，根据每个环节的特点及其对标签技术的要求，有机RFID有望在屠宰场、运输仓储中替代无机RFID，对于养殖时间较短的动物，也可在养殖与物流运输环节使用有机RFID，而在超市环节可选择性使用有机RFID或二维标签。有机RFID的使用将大大降低动物食品溯源的成本，从而促进动物食品溯源技术的广泛使用。