中发酵结束时，将发酵液进行过滤，用无菌水调pH值在3.3-3.5之间，调糖度为7%-10%，适当加入香味料以适应口感。生产活菌果汁乳酸饮料，在调配后直接装瓶、压盖，4℃下贮藏；生产灭菌果汁乳酸饮料，调配后经20-30MPa均质处理，装瓶、压盖后加热至90℃灭菌，冷却为成品。发酵所用的乳酸菌有嗜热链球菌、干酪乳杆菌、嗜酸乳杆菌和保加利亚乳杆菌等。将牛奶分装于试管(10mL/管)、三角瓶(500mL、300mL/瓶)、种子罐115℃灭菌15min，冷却，将菌种接入牛乳试管中40℃培养，凝乳后1%量接种于三角瓶中，40℃培养，凝乳后以2%-3%量接种于种子罐，40℃培养，即可作为生产发酵剂。
输送到工厂的果实，通过手工、机械或液压传动等方式经水槽或输送带，运送到洗涤及分拣区域。水果表面杂质去除后，经手工或电子系统进行分类。通常，水果预处理包括脱皮、去核、破碎、切片、抗氧化处理和净化以及额外的分级、分类等一系列工艺流程的整合。降酸，常温下搅拌20min，静置40min后进行过滤。如果滤液浑浊不清，
可再静置过滤，直至汁液清澈为止。在果汁中加入白砂糖或葡萄糖及3%乳糖，调整可溶性固形物至8%-10%，确保乳酸菌在果汁中能充分发酵。通过密闭的无菌操作系统对水果进行商业无菌，然后在无菌状态下将其冷却至温度。某些水果被冷藏或储存在温度以影响水果外观的化学变质。最后，无菌产品被输送到与之相匹配的灌装机中，其内部容器按预设值灌装，并为贴标签和仓储做准备。
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